Собственно есть ли возможность поставить свой css как описано здесь: http://wiki.mobileread.com/wiki/Cool_Reader

Попробовал с сохранением fb2.css в папке /.home/user/.crengine/ без результата (правда не перегружал книгу). Подскажите, пожалуйста, а то очень напрягает дефолтный 30% отступ в stanza

Стили подгружаются только с каталога crengine в корне SD карты или с каталога прошивки (/usr/share/cr3 ). В вашем случае надо создать в корне карты каталог crengine а в нем файл fb2.css .
оригинальный файл можно взять тут.
Вместо полного переопределения стилей можно создать свой файл и переопределить только то что Вам надо.
Например изменить 30% отступ на 10%: